国家智能设计与数控技术创新中心的组织结构设置包括理事会、创新委员会、管理委员会及若干研究中心。理事会、创新委员会、管理委员会分别是国智中心的决策领导机构、发展战略咨询机构、行政管理机构，研究中心是国智中心的技术创新主体。 国智中心根据发展需要，与各地政府、高校、研究所、重点企业强强联合，共建分中心、研究院、研究所、联合实验室等新型研发机构。